В последние годы 20-го столетия ПАРУС закрепил за собой статус ведущего ИТ-интегратора в области автоматизации деятельности медицинских учреждений Самары, практически монополизировав эту сферу деятельности. Разработаны и начали внедряться медицинские информационные системы «Поликлиника», «Стационар», «Льготный рецепт». В 43-х медучреждениях Самары и области были смонтированы компьютерные сети, выполнены комплексные поставки компьютерной техники, организовано на регулярной основе обслуживание и техническое сопровождение средств автоматизации.

В эти годы ПАРУС также активно развивает клиентскую базу. Постоянными заказчиками ПАРУС становятся: Управление налоговых инспекций Самарской области, ИВЦ Куйбышевской железной дороги, городской Центр и районные подразделения Госсанэпиднадзора, Самаранефтегаз и целый ряд других организаций Самарской области.

В 1998 году ПАРУС переезжает в собственный офис на улице Некрасовской, 56Б, что придает новый импульс развитию компании. Расширяется кадровый состав, оборудуются современные рабочие места сотрудников, подключаются скоростные каналы доступа в Интернет, совершенствуется инструментальная и производственная база, лицензируются деятельность компании по проектированию, монтажу и пусконаладке компьютерных сетей. Компания получает сертификат соответствия Госстандарта РФ на сборку компьютеров торговой марки «ПАРУС».

Существенно повышается статусность компании. Она становится авторизованным партнером ряда производителей-лидеров отрасли в области СКС, компьютерного, серверного и сетевого оборудования, системного программного обеспечения. Компания ежегодно проводит технические семинары для ИТ-специалистов по различным направлениям своей компетенции, регулярно участвует в выставках СамараЭкспоком.

Рост объемов разработки и внедрения автоматизированных информационных систем в медицине привел к необходимости выделить это направление работ в самостоятельную организацию. С 2000 года этим направлением занимается компания «Информационный медицинский центр» (ИМЦ).

Компания ПАРУС, в свою очередь, сосредоточилась на технических аспектах автоматизации: поставках компьютерной техники, серверного и сетевого оборудования, создании компьютерных сетей и распределительных электросетей, предоставлении широкого круга сервисных услуг.

Одним из направлений специализации ПАРУС становится бесперебойное электропитание ответственных потребителей: серверных помещений, центров коммутации сетей, узлов связи. В компании работает авторизованный сервис-центр по однофазным ИБП производства APC. Получена авторизация на проведение запусков 3-фазных ИБП APC большой мощности.

ПАРУС – становится авторизованным партнером многих известных производителей: 3COM, Cisco Systems, APC, Molex Premis Networks, Ай-Ти СКС.   

В этот период реализуются ряд комплексных проектов: обустройство сетей в зданиях АО «Гипровостокнефть», комплексное оснащение слаботочными и электросетями нового офиса АКБ «Газбанк» в городе Тольятти, комплексный проект автоматизации медицинских учреждений города Новокуйбышевск, реализуется проект создания компьютерных сетей более чем в 28 зданиях инспекций ФНС в городе Самаре и области, мощными ИБП оснащается Самарский ИВЦ Куйбышевской железной дороги, оснащается сетью новый онкоцентр в городе Самаре, новый корпус Медиацентра СГАУ и многие другие.

ПАРУС стал первым региональным интегратором специализирующемся на создании центров обработки данных (ЦОД). Компания успешно осваивает комплексный подход в проектировании и создании «под ключ» серверных помещений, а также инженерной инфраструктуры для ЦОД. ПАРУС проектирует, поставляет, монтирует и запускает серверы и системы хранения и передачи данных, системы бесперебойного электропитания, климатические системы, системы обеспечения пожарной безопасности, контроля доступа, видеонаблюдения, удаленного мониторинга. Выполняет необходимую строительную подготовку помещений ЦОД.

Реализованы ряд проектов комплексного оснащения ЦОД в городе Самаре: ЦОД в новом офисе АКБ «Газбанк», ЦОД процессингового центра КБ «Солидарность», Первого Объединенного банка,  ЦОД узла связи филиала ОАО «МРСК Волги». Реализован проект оснащения ЦОД для КБ «АФ Банк» в городе Уфе.

Отдельного внимания заслуживает комплексный проект создания Суперкомпьютерного центра «Сергей Королев» в Самарском аэрокосмическом университете. Компанией ПАРУС выполнен полный цикл работ от проекта до запуска и дальнейшего сопровождения и развития суперкомпьютера. В 2010 году СКЦ «Сергей Королев» вошел в Топ-50 российских суперкомпьютеров.

В этот период реализованы также крупные проекты создания и модернизации сетевой компьютерной инфраструктуры: СКС категории 6 на 800 портов в новом здании АКБ «Газбанк» и полная модернизация СКС категории 6 в здании Самарской Губернской Думы на 250 рабочих мест. Выполнен комплексный проект системы гарантированного питания ответственных потребителей здания Волжской ТГК (ныне ПАО «Т Плюс»).

ПАРУС становится Серебряным партнером Аквариус и 3СОМ, Золотым партнером APC, Премьер-партнером Cisco. Принимает активное участие в выставках ИНФОКОМ, CIT-Research. Проводит ряд технических семинаров для ИТ-специалистов.

В 2010 году компания «ПАРУС» переезжает в новый офис по адресу: г.Самара, ул.Князя Григория Засекина, д.1, литера «З».

20 лет компания ПАРУС отметила в роли ведущего регионального системного интегратора. ПАРУС имеет статус APC Elite Data Center Partner, DELL Preferred Partner, становится авторизованным партнером производителей сетевого оборудования Extreme Networks и Juniper Networks.

ПАРУС принимает активное участие в реализации федеральной программы «Модернизация здравоохранения» на территории  Самарской области, в ходе которой создаются и модернизируются компьютерные сети в Самарской областной клинической больнице им.Середавина, Самарском областном клиническом онкологическом диспансере, Самарской областной клинической офтальмологической больнице им.Ерошевского, в Клиниках Самарского государственного медицинского университета, в других крупных больницах Самары и области. Выполняет поставку, монтаж и пусконаладку программно-аппаратного комплекса ПАК РАМИ для создания регионального архива цифровых медицинских изображений.

Создаются компьютерные сети в новом Научном корпусе СГАУ на 335 рабочих мест (670 портов), в новом офисе АО «Самарской Сетевой Компании» на 800 рабочих мест (1600 портов), в офисе ТК «Мегаполис» на 1630 рабочих мест (3260 портов).

Смонтирована пожарная сигнализация и автоматика, ЛВС, а также выполнена телефонизация и радиофикация в здании общежития №1 СГАУ.

Реализован проект оснащения центра исследований BigData СГАУ на базе программно-аппаратного комплекса IBM.

Выполнены проекты комплексного оснащения ЦОД «СамараНефтеОргСинтез» (САНОРС) в г.Новокуйбышевске, уфимского «Башкомснаббанк», в новом офисе ЦОД Первобанка (сейчас Промсвязьбанк).

ПАРУС является членом СРО «Содружество строителей», имеет лицензии: МЧС на осуществление деятельности по монтажу, техническому обслуживанию и ремонту средств обеспечения пожарной безопасности зданий и сооружений; ФСБ России - на деятельность по разработке, производству, распространению шифровальных криптографических средств; ФСТЭК - на осуществление деятельности по технической защите информации. Услуги ПАРУС сертифицированы Росстандартом.

Компания ПАРУС кроме традиционного лидерства в области системной интеграции, создания информационной и инженерной инфраструктуры предприятий и организаций, наращивает предоставление услуг для обеспечения их комплексной безопасности.

Наряду с традиционными решениями в области системной интеграции компания участвует в разработке и внедрении специализированных систем.

Так, совместно с компаниями ИМЦ и Парус Медиа в медицинских учреждениях Самарской области выполняется проект «Электронная очередь», совместно с компаниями «Волга-Байт» и ИМЦ разрабатывается автоматическая станция книговозврата для библиотек. Проектируется и конструируется опытный образец вендинговой автоматической станции по продаже питьевой воды с возможностью оплаты банковскими картами и другими расширенными сервисами для покупателей. В 2018 году на базе компании ПАРУС произведена партия таких автоматических станций, которыми оснащено 30 успешно функционирующих киосков по продаже питьевой воды в городе Самаре.

Среди реализованных проектов необходимо также отметить комплексное оснащение системой видеонаблюдения территории и цехов комбината «Самараагропромпереработка» в Безенчуке, построение комплексной сети передачи данных и системы видеонаблюдения Самарского гипсового комбината, модернизация сети передачи данных завода «Таркетт» в г. Отрадном, комплексное оснащение сетевой инфраструктурой одного из корпусов ПАО «Кузнецов».

Система менеджмента качества компании ПАРУС сертифицирована по стандарту ИСО 9000.